Masyarakat agama yang berasingan mempunyai hubungan yang umumnya toleran.[11] Perayaan diadakan untuk semua agama utama, yang disertai oleh orang-orang dari agama itu dan yang lain dalam amalan Malaysia yang dikenali sebagai 'Rumah Terbuka'.[9] Malaysia mempunyai reputasi untuk menjadi sebuah negara berbilang budaya yang berjaya, dengan hanya dua kejadian serius keganasan kaum dalam sejarah moden yang berlaku pada tahun 1946 dan 1969.[16] Negara lain telah meneliti Malaysia sebagai contoh untuk mengendalikan fundamentalisme Islam.[36]

Walau bagaimanapun, sesetengah ahli politik mendakwa bahawa terdapat Islamisasi masyarakat Malaysia yang menjalar, dan kerana hubungan antara kaum dan agama, difikirkan status ekonomi kaum yang berlainan menyebabkan banyak masalah agama.[16] Keutamaan Islam dan penyebarannya yang perlahan ke dalam kehidupan seharian di Malaysia telah menyebabkan kebimbangan terhadap kumpulan bukan Islam.[29] Perdana Menteri Abdullah Ahmad Badawi pada tahun 2004 muncul di perhimpunan Kristian untuk membaca dari Alkitab dan memanggil perpaduan agama walaupun perbezaan. Ini dilakukan pada masa Malaysia menjadi ketua Pertubuhan Kerjasama Islam.[37]

Pada bulan Februari 2005 Majlis Peguam Malaysia menganjurkan perbincangan mengenai suruhanjaya antar agama, walaupun beberapa kumpulan Islam enggan menyertai tuntutan komisen itu akan "melemahkan Islam". Beberapa kumpulan Muslim memboikot dan mengutuk majlis antar agama, mendakwa Islam hanya perlu dibincangkan oleh umat Islam. Kerajaan menyatakan bahawa komisinya tidak diperlukan, tetapi menggalakkan dan menggalakkan dialog antara agama. Sesetengah organisma antara agama bukan Islam ada, seperti MCCBCHS, Majlis Gereja Malaysia, dan Persekutuan Kristian Malaysia.[11]

Pada tahun 2006 satu memorandum telah dikemukakan kepada Perdana Menteri oleh ahli kabinet bukan Islam yang meminta semakan mengenai peruntukan perlembagaan yang menjejaskan hak orang bukan Islam. Selepas protes oleh pemimpin Islam dalam gabungan pemerintah, ini ditarik balik. Ia dilarang bagi orang bukan Islam untuk cuba menukar orang Islam, walaupun orang Islam dibenarkan menukar orang lain.[11] Ahli-ahli politik Melayu telah meminta masyarakat Cina dan India untuk tidak mempersoalkan hak-hak Melayu, kerana takut membakar keganasan etnik, dengan keharmonian antara kaum dan agama dilihat sebagai keperluan.[38]